Entre 1978 y 1981, el Boletín del Museo informó sobre el traslado de las colecciones de la institución desde el Archivo Nacional al edificio de la Real Audiencia, lugar donde se encuentra actualmente. En el inmueble, ubicado frente a la Plaza de Armas, funcionó el máximo tribunal de justicia durante la Colonia, la Intendencia de Santiago en el siglo XIX e inicios del XX, y la Dirección de Correos y Telégrafos de Chile hasta la década del setenta.
Declarado Monumento Nacional en 1969, a comienzos de los ochenta autoridades culturales y políticas decidieron darle un nuevo uso e instalar en sus dependencias a la institución encargada de preservar y difundir la historia del país. Con ese fin, la Sociedad Constructora de Establecimientos Educacionales se hizo cargo de la restauración, que fue dirigida por el arquitecto León Rodríguez (Boletín n.° 6 1980, 2).
Entre los principales promotores del cambio estuvo el director de la Dibam, Enrique Campos Menéndez; el director del Museo, Hernán Rodríguez Villegas, y el propio Augusto Pinochet. Las obras concluyeron en 1982 y la inauguración se realizó el 2 de septiembre de ese mismo año.
El nuevo local permitió ampliar las colecciones y reorganizarlas en departamentos especializados como el de «folclore y artesanía, textil, conservación y restauración, junto al archivo fotográfico e iconográfico, el gabinete numismático y la biblioteca» (Museo Histórico Nacional 2005, s/n).
En el traslado, se seleccionaron las piezas para la muestra permanente y se distribuyó el espacio de acuerdo con una cronología que enfatizaba la construcción de una identidad mestiza y la creación del Estado republicano.
