La Colección de Pintura y Estampas del Museo Histórico Nacional se originó con la fundación de la institución en 1911, pero se constituyó formalmente en 2005.
Sus procedencias son diversas e incluyen reparticiones del Estado, legados, donaciones y antiguas colecciones del Museo Nacional, del Museo Histórico del Santa Lucía, y del Museo Militar.
La colección aborda variados temas, formatos y soportes, siendo los principales temas representados el retrato, con obras desde el siglo XVII hasta el presente; la pintura religiosa, especialmente del período colonial; las escenas históricas o costumbristas; y las vistas y paisajes.
Las obras poseen el mérito histórico del sujeto o la escena que representan, y un destacado valor artístico y patrimonial. Ejemplos de ello son las obras La Batalla de Maipú que solicitó el Presidente Joaquín Prieto al pintor Mauricio Rugendas; la llamada Serie de los Gobernadores, ideada por Benjamín Vicuña Mackenna y realizada por los alumnos de la Academia de Pintura; o la Serie de los Presidentes encargada al artista Ernesto Kirchbach por el Estado.
La Colección posee piezas de excelente calidad, como los retratos que realizó José Gil de Castro en el período de la Independencia; los que hizo Raymond Monvoisin a la primera generación republicana; las escenas navales realizadas por Thomas Sommerscales; o los hechos históricos que recreó Pedro Subercaseaux.
Además, cuenta con obras de gran representatividad, como La Fundación de Santiago de Pedro Lira y la abdicación de O´Higgins de Manuel Antonio Caro.
Desde 1978 el Museo inició una colección de mapas de Chile, mayoritariamente de los siglos XVI al XIX.
En 1988 recibió el legado de Germán Vergara Donoso. Éste contaba con dibujos realizados entre los siglos XVIII al XX por destacados autores, tales como Mauricio Rugendas, Raymond Monvoisin o Auguste Borget. Parte de estas obras forman parte de la publicación El paisaje chileno. Itinerario de una mirada.
Este conjunto fue enriquecido en 1989 con la donación de la Compañía Sudamericana de Vapores, que incluía grabados de viajeros en Chile durante los siglos XVII al XIX, proveniente de la colección formada por Germán Vergara Donoso. Muchas de estas obras formaron parte de la exhibición "El paisaje chileno, itinerario de una mirada" y de su respectivo catálogo.
En 1989 se creó una colección de dibujos y grabados, sumándose las ilustraciones infantiles legadas por la dibujante Elena Poirier, y la adquisición de afiches comerciales y políticos realizados por el pintor Camilo Mori.
En 2005, la colección de dibujos y grabados se sumó a la de pinturas, conformando un gran conjunto de obras de iconografía chilena de gran valor histórico y artístico.