Dentro del Museo, la Historia de Chile está contada museográficamente a través de las siguientes salas temáticas:
Sala Los Primeros habitantes de Chile -Cerrada
Sala Descubrimiento y Conquista- Cerrada
Sala La Ciudad Indiana- Cerrada
Sala La Iglesia y el Estado- Cerrada
Sala La Sociedad Colonial- Cerrada
Sala La Sociedad del siglo XVIII
Sala La Recomposición del Orden
Sala La Consolidación del orden Republicano
