La Colección del Museo Histórico del Santa Lucía reunió objetos provenientes de la Exposición del Coloniaje, nuevas adquisiciones y la reproducción de obras históricas, gracias a la labor del intendente Benjamín Vicuña Mackenna , quien lideró estas iniciativas.
Obras como El salterio limeño, el Altar de la Patria, y el Estandarte de Burgos provienen de la Exposición del Coloniaje. El Poncho de China o Manila fue prestado para esa muestra, pero su dueña Carmen Urmeneta lo donó al nuevo museo en 1874.
Un ejemplo destacado de la política de rescate cultural es la Serie de Las Guerras de Flandes de Felipe II. Estos lienzos fueron pintados en el Cuzco en 1700 y estaban guardados en una bodega de Quillota, hasta que en enero de 1874 su dueño Baldomero Risopatrón se las obsequió a Vicuña Mackenna.
La reproducción de obras históricas se expresa en la Serie de los Gobernadores, 42 retratos al óleo de los mandatarios de Chile desde Pedro de Valdivia (1541) hasta Bernardo O'Higgins (1841). En ella se agrupan originales, copias del Museo de Lima y pinturas encargadas a alumnos de la Escuela de Pintura, creada en 1849.
Vicuña Mackenna la definió como "la restauración de un tesoro irrevocablemente destruido por la saña popular en 1817", y destaca que las leyendas, que él mismo elaboró, añaden "un comprensivo rasgo característico o biográfico de nuestros antiguos dominadores". (Vicuña Mackenna, 1875: 25).
De la colección del Museo Histórico del Santa Lucía destaca hoy la presencia en el Museo Histórico Nacional de 9 de los 12 cuadros de Las Guerras de Flandes, de 24 retratos de la Serie de Los Gobernadores y de numerosos objetos que fueron exhibidos en la Exposición del Coloniaje.