La Torre Benjamín Vicuña Mackenna forma parte del Palacio de la Real Audiencia y ha experimentado varios cambios a lo largo del tiempo.
Fernanda Venegas, encargada del departamento educativo, indica que la colección de imágenes del edificio que posee el Museo permite situar algunos hitos de su devenir, aunque aún resta indagar parte de su historia
Registros anteriores y posteriores a 1860 muestran que la Torre perdió un nivel, el que fue remozado. Se presume que se cayó con el terremoto de 1850. Esto concuerda con la descripción de Chile Ilustrado de Recadero Tornero:
"En la fachada [de la Real Audiencia] se levanta una pequeña torre, en la cual se colocó en 1868 un magnífico reloj de cuatro esferas transparentes, que son iluminadas de noche" (1872: 27).
Las fotografías cercanas a 1885 muestran la torre con una nueva planta y una estructura similar a la actual: 7 pisos, un balcón y un reloj de 4 esferas.
La curadora Carolina Barra presume que esta remodelación formó parte del plan modernizador de Santiago diseñado por el intendente Benjamín Vicuña Mackenna, pues el dispositivo permitió visibilizar el tiempo a los habitantes de la ciudad y normalizar sus usos acorde a la noción de un espacio público urbano y laico:
"Al tiempo ecuménico, litúrgico y monacal de la Iglesia se superpone el tiempo civil, municipal y burgués; el uno lo dan en las ciudades los sones musicales de las atalayas, campaniles y beffroi; el segundo la maquinaria ingeniosa de los relojes públicos" (Pereira Salas, 1963: 6-7).